Entendida como o desenvolvimento de parcerias entre as instituições, através de convénios de cooperação técnica, científica, académica e não só, a cooperação interinstitucional é um vector chave para o desenvolvimento de qualquer instituição, na medida em que abre novas perspectivas do saber que envolvem as diversas áreas do conhecimento humano.

O Instituto Nacional de Investigação em Saúde, visando melhorar a qualidade investigativa e elevar o conhecimento técnico e científica a nível nacional e internacional, privilegia no seu plano de actuação, o princípio da cooperação interinstitucional como meio de dar resposta aos problemas transversais do campo da saúde em que a investigação só pode efectivamente ser eficaz mediante a colaboração com parceiros nacionais e internacionais.

Assim, o INIS tem mantido a colaboração com as seguintes instituições e órgãos: